Kaiser Franz Joseph von Österreich wählte damals die erst sechzehnjährige Elisabeth zu seiner Braut (18.8.1853); eine der ganz wenigen Entscheidungen seines Lebens übrigens, die er gegen den ausdrücklichen Willen seiner Mutter traf. Nach der Eheschließung (24.4.1854) war die Kaiser-Mutter fest entschlossen, ihre Rolle als erste Frau des Reiches hinter dem Kaiser zu wahren. Dieser aus Elisabeths Sicht untragbare Zustand, der ihr - der Kaiserin - die Rolle einer kaiserlichen Marionette zuwies, die lediglich zu funktionieren hatte, besserte sich auch nicht nach der Geburt ihrer beiden ersten Kinder (1855 bzw. 1856), welche ihr weggenommen und der Obhut Erzherzogin Sophies übergeben wurden. Kaiser Franz Joseph verteidigte die Interessen seiner Gemahlin nur zaghaft und ließ sie, obgleich man an seiner aufrichtigen Liebe für Elisabeth nicht wird zweifeln dürfen, weitgehend im Stich.1857 erkrankten beide Töchter und die kleine Erzherzogin Sophie verstarb.1858 gebar sie den ersehnten Sohn.
Am 8.6. 1867 wurde sie mit ihrem Mann in Budapest gekrönt.Elisabeth betrachtete die Geburt ihres vierten "ungarischen" Kindes Marie Valerie, als Symbol der (vorübergehenden) Versöhnung mit ihrem Mann, als ihr Geschenk an die ungarische Nation. Dieses Kind wurde "Die Einzige" genannt, da sie sich um ihre anderen Kinder nicht kümmerte.Da sich das Paar auseinander lebte und um die Vereinsamung des Kaisers zu mildern führte Elisabeth ihrem Mann 1886 die Burgschau-spielerin Katharina Schratt zu, die ihm für die Jahre seines Lebens ein warmherzige Gefährtin wurde. Nach dem Tod Ihres Sohnes zog sie sich aus der Öffentlichkeit zurück und stilisierte sie sich zur rastlosen "mater dolorosa".